Le Reg CE 889/2008 est un règlement d'application, et représente une mise en œuvre plus du cadre réglementaire communautaire. Il établit règles détaillées pour la production végétale et animale, la transformation, la commercialisation, l'étiquetage et le système de contrôle des produits biologiques.

Il étend le champ d'application de la méthode biologique aussi à l'aquaculture et au secteur d'algues marines et de levures.